La anatomía de los reptiles puede limitar la utilidad de la exploración física. Además, los análisis de sangre no suelen proporcionar información clara sobre la patología implicada. El uso de un endoscopio rígido (18 cm de longitud, 2,7 mm de diámetro y ángulo de 30 º) integra la medicina basada en la evidencia en la medicina herpetológica, ofreciendo más información e incrementando los estándares de la atención. La endoscopia de la cavidad celómica y las biopsias de órganos suelen ser necesarias para conseguir un diagnóstico definitivo. Se han desarrollado varias técnicas para explorar la cavidad celómica en estas especies. En ofidios, presentados a menudo por dificultad respiratoria, el examen endoscópico del pulmón es una herramienta de diagnóstico importante. Aunque la traqueoscopia tiene sus límites, por ejemplo en serpientes por la longitud del tracto respiratorio inferior, o en las más pequeñas por el diámetro de la tráquea (los endoscopios son demasiado grandes), se pueden estudiar los sacos aéreos y pulmones y obtener muestras mediante un abordaje transcutáneo. Para esta técnica se incide la piel por el lado derecho, en la segunda fila de escamas aproximadamente, a la altura del 40% de la longitud del cuerpo. Luego se avanza una tijera de forma roma a través del tejido subcutáneo y muscular. Luego se indice el tracto respiratorio y se dirige el endoscopio tanto craneal como caudalmente para poder explorar todo el saco aéreo. El ángulo de 30º permite la mejor de las visualizaciones, sin tener que mover demasiado el telescopio. Para quelonios, presentados a menudo con lesiones del caparazón por traumatismo, debería utilizarse el endoscopio para estudiar las lesiones que dejan la cavidad celómica expuesta. No es fácil diagnosticar hemorragias mediante radiología o ecografía, y la rotura de órganos puede pasar desapercibida si no se utiliza un endoscopio, y además puede haber larvas escondidas en los tejidos blandos que podrán identificarse y ser retiradas. En estas especies también pueden realizarse procedimientos quirúrgicos asistidos. Los ovarios y trompas pueden identificarse fácilmente y desplazarse hasta el campo quirúrgico, la fosa prefemoral. Es importante recordar que el celoma torácico no está separado por un diafragma, de modo que no hay que insuflar al explorar para poder realizar la cirugía. Otra herramienta valiosa en quelonios es la cistoscopia. Las dos características principales de la vejiga urinaria de los quelonios, su morfología y tamaño, tienen un papel determinante al elegir esta técnica. Se trata de que su pared es delgada y transparente cuando se distiende, y puede distenderse mucho para acomodar enormes cantidades de líquidos (es decir, hasta un 30% del peso corporal del quelonio), por lo que se trata de un procedimiento fiable que puede ayudar al veterinario a visualizar órganos internos y comprender mejor el caso clínico, sobre todo cuando no obtiene información mediante otras técnicas de diagnóstico. Puede utilizarse para la determinación del sexo en quelonios recién eclosionados, a menudo pedida por varios criadores, pero también para visualizar el tracto intestinal, páncreas, hígado, bazo y, por supuesto, la propia vejiga y su contenido (cálculos urinarios, parásitos y huevos).