Actualmente, los clínicos dedicados a la medicina de reptiles disponen de muchas técnicas no invasivas para estudiar y obtener información de las enfermedades de sus pacientes. Sin embargo, en ocasiones se requiere citología y biopsia para conseguir un diagnóstico exacto en pacientes reptiles vivos. Según el órgano afectado, se utilizan distintos abordajes quirúrgicos. Para órganos celómicos en reptiles podemos optar por una biopsia guiada mediante endoscopia o una biopsia tras una celiotomía. Con el bisturí o pinzas pueden obtenerse pequeñas muestras para biopsia de órganos blandos. Si fuera necesario cauterizar, es preferible hacerlo después de la obtención de la muestra para evitar artefactos por coagulación. Para órganos más extensos, la obtención de más de una biopsia en puntos distintos es la mejor práctica. Las biopsias suelen mandarse a histopatólogos en formol al 10% tamponado, con 10 partes de formol por parte de biopsia.